תואר שני במדעי המחשב מיועד לאנשים שמעוניינים להעמיק את הידע שלהם בתחום מדעי המחשב. התואר מאפשר לסטודנטים להתמחות ולהתמקצע באחד מהענפים בתחום. לימודי התואר הינם בעלי אופי מחקרי ומשלבים בתוכם לימוד מעשי ומחקר. בנוסף לכך במהלך התואר נדרשים הסטודנטים לכתוב עבודת תיזה בתחום מחקרם. יש לציין שקיים גם מסלול ללא עבודת תיזה אך בוגרי מסלול זה אינם יכולים להמשיך ללימודי תואר שלישי. הלימודים נמשכים לרוב כשנתיים כאשר בסופן מקבלים בוגרי התואר תעודת M.Sc , תואר שני במדעי המחשב. תנאי הקבלה לתואר דורשים מועמדים בעלי תואר ראשון במדעי המחשב או באחד מתחומי ההנדסה הקרובים. במסגרת לימודי התואר עוסקים הסטודנטים בנושאים כמו: אלגוריתמים מתקדמים, קריפטוגרפיה, אבטחת מחשבים ורשתות, אבטחת מערכות מידע, תכנון גיאומטרי, עיבוד אותו דיבור, בינה מלאכותית, שפות תכנות מתקדמות ועוד. בוגרי תואר שני במדעי המחשב יוכלו להשתלב בעמדות מפתח בחברות העתירות טכנולוגיה המובילות בשוק או באחד ממכוני המחקר ולהנאות משכר הגבוה מהממוצע במשק.