תואר שני בניהול וארגון מערכות חינוך מיועד לכל מי שרוצה להתקדם ולקחת האחריות בניהול בית ספר או מערכת חינוך כלשהי. התואר מקנה לסטודנטים מיומנות בניהול מערכת חינוכית ביעילות, גיבוש השקפת עולם חינוכית, הצבת מטרות לאותה מערכת ומימוש מטרות אלו. כמו בעולם ההייטק, שם מנהל הוא אחד הגורמים היותר חשובים להצלחת החברה גם כאן בתחום החינוך מנהל טוב יכול להביא לשיפור ניכר במערכת, ולכן בוגרי התואר יהוו מנהלים איכותיים הרבה יותר. במסגרת לימודי תואר שני בניהול וארגון מערכות חינוך ילמדו הסטודנטים בעיקר שני תחומים תחום אחד זהו תחום החינוך שבו יעסקו הסטודנטים בהיבטים פוליטיים, היסטוריים ואידיאולוגים של החינוך, הם יעסקו בחברה הישראלית, מנהיגות, חינוך ערכי ועוד נושאים רבים. בתחום השני ילמדו הסטודנטים מיומנויות ניהול, שיווק ומיומנויות פיתוח ארגוני. תנאי הקבלה ללימודי התואר משתנים ממוסד למוסד אך ברוב המוסדות תנאי הקבלה דורשים בעלי תואר ראשון בתחום החינוך עם שקלול ציונים של 80 לפחות, ניסיון בחינוך של לפחות 3 שנים, תעודת הוראה ושליטה טובה בשפת האנגלית. התואר נמשכים כשנתיים ובסופו יקבלו הבוגרים תואר שני M.Ed בניהול וארגון מערכות חינוך.