תואר שני בחינוך מיוחד שואף להכשיר אנשי חינוך המתמחים בטיפול בילדים בעלי צרכים מיוחדים ולקויות למידה במטרה לשלב אותם במערכת החינוך. מערכת החינוך הרגילה לא תמיד מספקת את הצרכים או עונה על הבעיות שקיימים אצל אותם ילדים, בין אם מדובר בהפרעת קשב וריכוז או קשיי שפה. אותם אנשים המתמחים בטיפול בילדים אלו זקוקים לידע וכלים כיצד לאתר בעיות אלה ואיך להתמודד איתם. תואר שני בחינוך מיוחד מכשיר את אותם אנשים להשתלב ומלא משרות ותפקידי ניהול הקשורים לתחום בן אם מדובר במערכת החינוך הציבורית או פרטית. לימודי התואר עוסקים בנושאים כמו: דיסלקציה, שילוב חברתי של ילדים בעלי צרכים שונים, פסיכולוגיה התפתחותית, אוריינות בגיל הרך, תיאוריות חדשות בתחום ועוד. לימודי התואר נמשכים כשנתיים ובסופן יהיו הבוגרים זכאים לתעודת M.Ed. תנאי הקבלה למסלול לימודי תואר שני בחינוך מיוחד דורשים מועמדים בעלי תואר עם מומצע של 85 בתחומי הלימוד המתאימים: חינוך מיוחד, חינוך והוראה, פסיכולוגיה או לימודי ייעוץ חינוכי.