לימודי הנדסאים בתוכנה עוסקים בתפעול ותחזוקה של תוכנה, על מחזור החיים שלה, כלים ושיטות כיצד לתכנן תוכנה, בדיקות תוכנה, איכות וניהול תצורת תוכנה. מסלול לימודים זה הינו מסלול מבוקש מאוד בקרב צעירים, הסיבות לכך הן שקיים ביקוש רב להנדסאי תוכנה מיומנים, ובנוסף לכך צעירים רבים מעדיפים לבחור במסלול לימודים קצר ופרקטי ולא ללמוד לתואר ראשון. במסגרת לימודי הנדסאים בתוכנה ילמדו הסטודנטים מגוון רב של נושאים כמו: שפות תכנות שונות (אסמבלר, JAVA, С ++), שפת סף, מבני נתונים, אלגברה ליניארית, מבוא לאלקטרוניקת מערכות ספרתיות, אלקטרוניקה ועוד. תנאי הקבלה ללימודי הנדסאים משתנים בין מוסדות הלימוד השונים אך ברוב המקומות הדרישות הם: ציונים חיוביים במקצועות מתמטיקה ואנגלית ברמה של 3 יחידות לימוד לפחות, ובמקצועות העברית ברמה של 2 יחידות לימוד. משך הלימודים הוא כשנתיים כאשר בסופן יקבלו הבוגרים תעודת "הנדסאי אלקטרוניקה ומחשבים", P.A מטעם מה"ט. בוגרי הלימודים יוכלו להשתלב בקלות בשוק העבודה בתעשייה האזרחית בחברות אלקטרוניקה והייטק, בתעשייה הביטחונית בפיתוח ובקרה של תוכנות או להמשיך ללימודי תואר בתחום.